Jenner 1749. május 17-én Berkeleyben született egy lelkész nyolcadik gyermekeként. Az elemi iskola után egy helyi seborvos mellett szerzett alapos gyakorlati és felületes elméleti tapasztalatokat az orvoslásról. Huszonegy éves korában a kor híres sebésze, John Hunter tanítványa lett, aki azt a tanácsot adta neki: "ne spekulálj – próbáld ki".
Jennert fiatal korától izgatta a kor legrettegettebb betegsége, az évente több százezer áldozatot követelő fekete himlő. A betegséget élete során majdnem mindenki elkapta, és minden második súlyosabb beteg bele is halt, ám a túlélők bár örökre elcsúfultak, védettséget szereztek. A kórnak ellenszere nem volt, annak ellenére, hogy régóta kísérleteztek azzal, hogy az enyhe változatot elkapott betegek hólyagját nyílt sebekbe dörzsölve vagy a porrá tört vart felszívva szándékosan okozzanak fertőzést. Ezzel azonban nem értek célt, sőt: sokszor a betegség súlyos, halálos változatát idézték elő.
Fekete himlőre tehénhimlő
Jenner gondolatait az a népi babona indította el, hogy aki megkapta a tehénhimlőt, azt már nem fenyegette a fekete himlő. Azt is megfigyelte, hogy a lovak hasonló betegségével megfertőzött emberek között is ritka a himlő, és elhatározta: a tehénhimlő váladékát fogja felhasználni emberek immunizálására.
1796 tavaszán egy tehenészlány jelentkezett nála kiütésekkel, ő pedig tehénhimlőt diagnosztizált. Jenner úgy érezte, eljött az idő a gyakorlati próbára: 1796. május 14-én óvatosan megvágta James Phipps, kertésze nyolcéves kisfiának karját és beledörzsölte a tehenészlány kezén lévő himlőhólyag nedvét. A gyermek el is kapta a betegséget, néhány napig lázról, fejfájásról, étvágytalanságról panaszkodott, de a tünetek gyorsan elmúltak.
Jenner hat héttel később már egy valódi himlős beteg himlőhólyagjának nedvével fertőzte meg a fiút, nem kis kockázatot vállalva. Nagy megkönnyebbülésére a fiú nem lett beteg sem ekkor, sem pedig újabb, fertőzéseket kiváltó esetekben sem. A ma már etikailag elfogadhatatlannak minősülő kísérlet hatalmas lépést jelentett az orvostudomány történetében.
Vakcina a tehén latin elnevezése után
Jenner a védőoltásnak a vakcina nevet adta a tehén latin elnevezése, a vacca után. Érdekesség, hogy annak a tehénnek a bőre, amelytől a tehenészlány a betegséget elkapta, ma az orvos egykori londoni alma matere, a St. George's University könyvtárában látható.
Jenner 1797-ben rövid beszámolót küldött a Royal Societynek, de elutasították, mondván: a társaság tagjainak fölöttébb óvatosnak kell lenniük, nem tehetik kockára megbecsültségüket, nem terjeszthetnek a tanult testület elé olyan irományt, amely szöges ellentétben áll az elfogadott ismeretekkel, ráadásul ennyire hihetetlen. A következő évben ezért saját költségén adta ki "A tehénhimlő néven ismert variola vaccina betegség okainak és hatásának vizsgálata" című, újabb eseteket is ismertető könyvét, különösebb visszhang nélkül.
Ezután megpróbált Londonban önkénteseket toborozni az oltáshoz, de három hónap alatt egyetlen jelentkező sem akadt. Tudós körökben fanyalogtak, a lapokban a tehénhimlővel beoltottakat szarvakkal és tehénfejjel ábrázoló gúnyrajzok jelentek meg.
A saját fiának adta be
Csak hazatérve tudott újabb oltásokat beadni, egyebek között saját fiának is, és a fényes siker meggyőzte az embereket. A védőoltás gyorsan terjedni kezdett, s ahol bevezették, meredeken csökkeni kezdett a halálozások száma, Angliában az elsők között a királyi családot oltották be. Oroszországban az első beoltott gyermeket Vakcinovnak nevezték el és a nemzet költségén taníttatták ki.
A kötelező oltást elsőként 1806-ban a Luccai és Piombinói Hercegségben vezették be, a brit parlament csak 1853-ban hozott erről törvényt. Jenner számtalan kitüntetést kapott, London díszpolgára, számos egyetem díszdoktora lett. Csak a szakma nem ismerte el: a londoni orvosi kollégium úgy fogadta volna tagjai sorába, ha felvételi vizsgát tesz, ő azonban úgy vélte, a himlőoltás elég ajánlólevél.
Az immunológia atyja
Az immunológia atyjának is nevezett orvos élete végéig szülőhelyén praktizált, egészen 1823. január 26-án bekövetkezett haláláig. Egykori háza ma múzeum, több helyen szobrot is emeltek a tiszteletére, 2002-ben a BBC listáján bekerült a 100 leghíresebb brit közé, a Holdon pedig krátert neveztek el róla.
Bár a himlő elleni oltás végleges módszere csak hosszabb gyakorlati kísérletezés után alakult ki, mert még nem ismerték hatásmechanizmusát, Jenner új korszakot nyitott a fertőző betegségek elleni küzdelemben. Az egykor legfélelmetesebb kór utolsó természetes esetét 1977-ben regisztrálták, s az Egészségügyi Világszervezet 1980-ban megszűnt betegségnek nyilvánította a fekete himlőt.