Jelentős közegészségügyi kihívást is jelent a dunai árvíz . Az áradás miatti vízkárok megelőzése és elhárítása mellett több figyelmet kell fordítani a vízben található szennyeződések és kórokozók okozta fertőzések elleni védekezésre. A probléma különösen azokon a partszakaszokon jellemző, ahol nem épült ki a megfelelő védvonal. A méltán közkedvelt Római-parton az árvíz levonulása után idén is nagy mennyiségű hordalék eltakarítására és költséges fertőtlenítési munkákra kell felkészülni - hívja fel a figyelmet a Római partért Egyesület.
Kritikus szintet jelent a római-parti árvízi védekezésben a 750 centiméteres vízállás. Ennél a magasságnál a villamos művek szakemberei megszüntették az áramszolgáltatást, ennek következtében a helyi csatornarendszert működtető átemelő szivattyúk leálltak. Az átemelés megszűnésével a parthoz közeli, elöntött ingatlanok emésztőgödreiből és a csatornarendszerből a folyó vize kimossa a szennyvizet, amely akadálytalanul terülhet el a környéken, végigzúdulva többek között a sétányokon, játszótereken, a kerékpárúton és az elöntött vendéglátóhelyek teraszain.
A Duna hordaléka önmagában is szennyeződést okoz a parton (árvíz esetén a folyó felsőbb szakaszain fekvő települések kommunális hulladéka és egyéb szennyeződések is belekerülhetnek), a csatornák tartalma azonban drasztikusan megnöveli a közegészségügyi kockázatot.
Korábbi árvizek után az ÁNTSZ által vizsgált víz- és talajmintákban több különböző baktérium - egyebek mellett coliform, fekália coliform, enterococcus és pseudomonas aeruginosa - koncentrációja is az egészségre veszélyes érték többszörösét mutatta. A kórokozók tehát mind az árhullám idején, mind annak levonulása után komoly veszélyt jelentenek a környéken élő, dolgozó, vagy ide látogató emberekre. A fertőtlenítés ezen felül minden alkalommal tetemes összeget emészt fel, továbbá a visszamaradt iszapos közeg ideális a szúnyogok elszaporodásához is.
A fertőtlenítő szerek a vízi élővilágot, a növényzetet és az emberi szervezetet is súlyosan károsítják, ezekre mégis szükség van az esetleges járványok és olyan fertőzési lehetőségek elkerülésére, mint a szalmonella, hepatitis A és a calicivírus.