Míg a magasabb rendű élőlények, növények és állatok rendszerezése nem okoz gondot a biológusoknak, hiszen az alaktani sajátosságaik, az életmódjuk és szaporodásuk változatossága bőséges lehetőséget nyújt a genetikai kapcsolataik tisztázásához. Az alacsonyabb rendű élőlények, például az egysejtű növények, a baktériumok rendszerezése azonban jóval nehezebb, mert ezek a szempontok az organizmusok egyszerűsége miatt nem elégségesek. Ugyanakkor a baktériumok osztályozására mégis hatalmas szükség van, így többféle módszert kidolgoztak erre. Felhasználják ehhez az alaktani különbözőségeket, a tenyésztési tulajdonságokat, a kórokozó képesség meglétét vagy hiányát, a fiziológiai-biokémiai sajátosságokat.
Változatos formák
A baktériumok, vagyis a legalacsonyabb rendszertani kategóriába tartozó növények meglepő változatosságot mutatnak az elektronmikroszkóp alatt. Vannak például gömb alakúak (a coccusok), és azok között szőlőfürt alakzatba tömörülők, egyedül vagy párban megjelenők és gyöngyfüzérszerűen sorba rendeződők is. Ismertek pálca alakúak is - ezek a bacillusok, vagyis tévedés ezt a szót a baktériumok szinonimájaként emlegetni, hiszen ez csak ennek a genusnak a neve. Ezen belül nagy formai eltérések vannak: hegyes és lekerekített végű, vékonyabb, vastagabb, stb.. A csavar (spirális) formájúak között negyed vagy fél csavart alkotók (vibriók), dugóhúzó alakú (spirillum), amelyben teljes vagy akár több csavarmenet van, és az igen hosszú, sok csavart alkotó fajták (spirochaeták) is megtalálhatók. Az alaktani sajátosságok között vizsgálják még a méretet, az esetleges csillók számát, a tok- és spóraképzést.
A festés segít a rendszerezésben
Bennünk, körülöttünk billiónyi élet
A rendszerezés szempontja az is, hogy az adott mikrobának milyen az anyagcseréje, a szaporodása, és nem kevésbé fontos, hogy hogyan hatnak környezetükre illetve egy másik élő szervezetre, ha kapcsolatba kerülnek vele. Az anyagcsere alapján megkülönböztetnek aerob és anaerob baktériumokat, aszerint, hogy életfenntartásukhoz, szaporodásukhoz felhasználják-e a levegő oxigénjét. Biokémiai tulajdonságaik, kémiai tevékenységeik is igen változatosak, van köztük, amely az erjesztésben, más az oxidálásban, a rothadásban, a pigment- vagy a toxintermelésben vesz részt, de olyan is akad, amelynek az ízanyag-termelésben vagy éppen más kórokozók elpusztításában van szerepe.
Harcban a baktériumokkal
A baktériumok életfeltételei, szaporodása a környezetüktől függ: ha ez kedvező a számukra, akkor viharosan szaporodni kezdenek, de lehet a környezet hatása rájuk közömbös, a szaporodásukat gátló és pusztító (baktericid) is. Elpusztításuk történhet fizikai és kémiai úton. Nem kedvező a számukra például az ultrahanghatás, a kiszáradás (bár a spórás változat ennek ellenáll), a sugárzó energia, például a napfény vagy a kvarc-lámpa, a magas hőmérséklet (a hideget viszont igen jól tűrik). Sokféle kémiai hatás lehet baktericid: például savas, lúgos, alkoholos anyagok, egyéb vegyszerek alkalmazása.
Barátságos belső flóra: segítőink a betolakodók ellen
Nemcsak beteg emberek szervezetében vannak baktériumok: a legegészségesebbek is állandóan milliárdnyi "albérlőt" tudhatnak a testükben. A bőrünk, a nyálkahártyák, illetve azok a testüregek, amelyek a külvilággal valamilyen módon érintkeznek (légutak, emésztőcsatorna, húgyutak és ivarszervek), a születést követően kezdenek benépesülni a legkülönbözőbb baktériumtelepekkel. Ezeknek a baktériumoknak csak a kisebb része patogén, vagyis az emberre nézve veszélyt jelentő, betegséget okozó. Nagy számban vannak olyan baktériumtörzsek is, amelyek nemcsak, hogy nem patogének, hanem éppen ellenkezőleg, az egészség fenntartását, az immunvédelem hatékonyságát köszönhetjük nekik. Például a vastagbélben az emésztést segítő baktériumtörzsek telepedtek meg, amelyekre vigyázni is kell, nehogy például egy bakteriális fertőzés idején kapott antibiotikus kezelés ezeket is kiirtsa.
Betegségek, járványok, vészhelyzet
A baktériumok egy csoportja az emberi szervezet számára súlyos veszélyt jelenthet, különösen akkor, ha az immunrendszer nem képes elpusztítani a támadó, a szervezetbe behatoló kórokozókat. Jó esetben ugyanis ezeket az egyes szövetekben, a vérben és a nyirokrendszerben lévő falósejtek és más védősejtek elpusztítják, lebontják. Ha az immunrendszer nem képes megbirkózni ezzel a feladattal, antibiotikumra lehet szükség.
Egyik-másik kórokozó nemcsak egyes embereket, hanem nagy tömegeket is képes megbetegíteni. Az emberiség történelmét végigkísérik a tömegjárványok, egy-egy bakteriális fertőzés következtében kialakuló betegségek pusztításai. A teljesség igénye nélkül elég néhányat megemlíteni néhányat az embereket súlyosan veszélyeztető mikroorganizmusok közül. Gram-negatív baktériumok okozzák például a szifiliszt, a gyomorfekélyt, a Lyme-kórt, a gyulladásos betegségeket, például a tüdőgyulladást, ezen kívül a hastífuszt és a vérhast, a szalmonellát, a pestist. Gram-pozitív coccusoknak "köszönhetők" a gennyes gyulladások és a gyermekágyi láz, a lépfene, a tetanusz és bizonyos ételmérgezések. Szabálytalan illetve pálca alakú Gram-pozitív baktériumok okozzák a diftériát és a TBC-t. Az e betegségek elleni küzdelemben, a járványok leküzdésében, az antibakteriális szerek kidolgozásában nagy szerepe volt a mikrobák megismerésének, sajátosságaikon alapuló rendszerezésének.