Az ÁEK öt, eddig különálló fővárosi intézményből jönne létre. A tervezett mamutkórháznak jelen állás szerint a budai MÁV-on túl további két telephelye lenne. Lapinformáció szerint a budai intézmény a központi MÁV-kórház Jávor utcai rehabilitációs osztálya helyett válna önálló telephellyé - bár erről még nincs végleges megállapodás. Az ÁEK több, eddig különböző tárcák fenntartásában működő intézményből alakul meg, a fenntartói szerepet a Honvédelmi Minisztérium kapta.
Ebbe a kórházba integrálódik a központi és a budai MÁV-kórház, a BM-kórház, a honvédkórház és az Országos Gyógyintézeti Központ. Az intézmények a jövőben új struktúrában, új gazdálkodási rendben két fő telephelyen, a honvédkórház és a központi MÁV helyén működik majd. Az ÁEK nemcsak a honvédség, a rendvédelem és a MÁV jogosultjait látja el, hanem Észak-Pest súlyponti kórházaként a terület, főként a XIII. kerület betegeit is. Az intézmény lesz várhatóan felelős a IV. kerületi lakosok szülészeti-nőgyógyászati ellátásáért is. Az intézmény súlyponti kórházi szerepet kapott, és a véglegesnek tűnő döntés értelmében összesen 1196 aktív ággyal rendelkezik majd. Az átalakítás költségei előreláthatóan 2-2,5 milliárd forintot tesznek ki.