Az úgynevezett "ébresztőóra-fejfájás" legtöbbször hajnali 1 és 3 óra között - ritkábban a délutáni szundikálás alatt - jelentkezik, és leginkább az 50 év felettieket érinti. A migrén egyik ritka fajtája, az elalvás után pár órával kezdődik. A fájdalom enyhe vagy közepesen erős. Ébredés után körülbelül 15 perc alatt elmúlik, fény- és hangérzékenység társulhat hozzá. Kialakulásának pontos oka ismeretlen. Feltételezik, hogy kapcsolatban van az alvásritmussal, hisz nagyjából azonos időpontban jelentkezik.
Az éjszakai fejfájás jelezheti azt is, hogy nem ittunk eleget napközben. Az agy körüli szövetek - ha a szervezet dehidratált - "összezsugorodnak", nyomást gyakorolnak az agyra, ez pedig erős fejfájást okozhat.
Létezik egy úgynevezett cluster-fejfájás , ami szintén jelentkezhet éjszaka. Férfiakat érintő betegség, nagyon erős lüktető fájdalommal jár az egyik szem mögött. Sajnos nincs rá gyógymód, a vény nélkül kapható fájdalomcsillapítók általában nem segítenek, de az orvos felírhat ilyen esetekre speciális, nagyon erős fájdalomcsillapító gyógyszert.
Éjszakai fejfájást okozhat az alvási apnoé is, ami rövid légzéskimaradást jelent. Az artériák gyulladását is kísérheti fájdalom, de agyvérzés és agydaganat tünete is lehet. Ha tehát rendszeresen kínzó éjszakai fejfájásunk van, mindenképpen menjünk orvoshoz. A pontos diagnózis felállításához CT-vizsgálat is szükséges lehet. A fejfájás kezelése a fejfájás típusától és a kiváltó okoktól függ.