Az agyméret általában egyenes arányban nő az élőlény méretével, vagyis minél nagyobb egy állat, annál nagyobb az agya. Azonban az agyméret a test teljes méretéhez viszonyítva is nagy szórást mutat: az embereknek és az egereknek nagyjából azonos az agy-test aránya (1:40-hez), míg az elefántnak vagy a lónak a testméretükhöz viszonyítva sokkal kisebb az agyuk (nagyjából 1:560-hoz). Az agyméreten kívül azonban más is befolyásolja, hogy mennyire intelligens egy állat: például az agy összetettségén, barázdáltságán, vagy azon, hogy az agy teljes tömegéből mekkora területet foglalnak el azok a részek, melyek a komplexebb feladatok elvégzésére szolgálnak.
Az átlagos emberi agy nagyjából 1,3-1,4 kilogramm tömegű, a teljes testtömeg mintegy 2 százalékát teszi ki. A férfiaknak valamivel nagyobb az agya, mint a nőknek (1260, illetve 1130 köbcentiméter). Az agy mérete azonban egyénenként rendkívül különböző lehet. Az újszülöttek agya nagyjából 370 köbcenti, és az első életévben akár a háromszorosára is nőhet , azonban a teljes agyméretet ccsak 40 éves korunk körül érjük el, onnan pedig lassan, fokozatosan csökken az agy tömege.
„Mintegy 150 évig tartotta magát az az elképzelés, hogy minél nagyobb méretű valakinek az agya, annál intelligensebb az illető” – mondta Jakob Pietschnig, a bécsi egyetem pszichológusa, a nemzetközi kutatócsoport egyik vezetője. „Azonban a méret helyett sokkal nagyobb szerepe van az agy szerkezetének, legalábbis az intelligencia tekintetében. Ez a magyarázat például arra, hogy a férfiak és a nők körében egyaránt lehetnek kiemelkedően intelligensek, annak ellenére, hogy a férfiak agya általában méretesebb.”
A „nagy koponya” kifejezést tehát nem szabad szó szerint értelmezni. Néhány évvel ezelőtt például Albert Einstein agyát tanulmányozva arra a megállapításra jutottak, hogy az egyik legnagyobb hatású fizikus agya semmiben nem tér el az átlagostól – még a méretében sem.