Születésünk előtt a bélrendszerünkben egyetlen baktérium sem található: a csecsemők bélrendszere sterilnek tekinthető - emiatt az immunrendszerük sem működik még tökéletesen. A szervezet védekező rendszere mellett az emésztés és az anyagcsere egyéb folyamatai is megkövetelik, hogy hasznos baktériumok milliárdjai népesítsék be a vékony- és a vastagbelet. A születés módja és a korai táplálás formája (anyatejes vagy tápszeres), sőt néhány betegség is nagy szerepet játszik abban, hogy egy kisbabának milyen bélflórája alakul ki.
A hüvelyi úton keresztül született babák már a szülőcsatornában találkozhatnak az édesanyjuk baktériumaival: ezeket lenyelik és azok azonnal szaporodásnak indulnak a bélrendszerükben. Így szerzik meg maguknak azokat a jótékony, kedvező hatású baktériumokat (a probiotikumokat), melyek több nélkülözhetetlen élettani folyamatban is szerepet játszanak - így bizonyos vitaminok szintézisében, a szénhidrátok lebontásában - és nagy szerepük van az immunrendszer működésében is. A császármetszéssel született csecsemők azonban először a környezetben megtalálható baktériumokkal érintkeznek: akár a levegőből, akár más csecsemőktől, vagy éppen a kórházi személyzettől szerzik be az első baktériumtörzseket. Hasonlóképpen, a koraszülött, intenzív kezelésre szoruló vagy éppen édesanyjuktól elválasztott kisbabák sem az anyai szervezetből származó mikroorganizmusokkal találkoznak először. Ennek eredménye az, hogy olyan baktériumok szaporodnak el a szervezetükben, melyeknek közel sem kedvező a hatásuk. Kutatások szerint az élet első hat hónapjában okozhatnak problémát a nem megfelelő baktériumtörzsek: a jó baktériumok lassabban szaporodnak, míg a káros baktériumok könnyen túlszaporodhatnak.
Anyatejjel a bélflóráért
Jelentős eltéréseket mutat az anyatejes, illetve a tápszeres kisbabák bélflórája - ráadásul, ezek az eltérések már az élet negyedik napjától jelen vannak. Az anyatejes babák bélrendszerében alacsonyabb a pH-érték (azaz a beleik valamivel savasabbak), a leggyakoribb mikroorganizmusok pedig a Bifidobaktériumok - ezzel szemben a betegséget okozó mikrobák jóval kevesebben vannak. A tápszerrel etetett babáknál ez az arány a betegséget okozó mikrobák irányába tolódik el. A tápszeres, majd később a vegyes táplálásra történő átállás során a bifidus-flórát vegyes flóra váltja fel.
A Bifidobacterium és a Lactobacillus-túlsúly képes megakadályozni a káros baktériumok elszaporodását, a betegséget okozó méreganyagok termelődését, de közvetlenül is kedvező hatást gyakorolnak az immunrendszerre. Szerepük van az infekciózus és atópiás megbetegedések megelőzésében is: az anyatejjel táplált babáknál ritkábban alakul ki például ekcéma és a rotavírus okozta hasmenésből is gyorsabban gyógyulnak meg. A probiotikumok a bélnyálkahártya felszíni sejtjein lévő receptorokhoz tapadnak. A bélnyálkahártya ezen sejtjeinek és a probiotikumoknak a kölcsönhatása révén a baktériumok a bél-immunrendszerének az erősítésére képesek, fokozzák az immunvédelemben olyan fontos szerepet betöltő immunglobulinnak, a szekretoros IgA-nak a termelését. Emellett olyan anyagcsere termékeket állítanak elő, amelyek szintén védőhatású tápanyagok, ilyen például az arginin, a glutamin vagy a rövid láncú zsírsavak. A vastagbélben lévő baktériumok feladata a nem emészthető táplálék-alkotórészeknek, főként a szénhidrátoknak a fermentálása, lebontása.
Anyatejtáplálás mellett újszülött és csecsemőkorban nincs szükség probiotikum-kiegészítésre, hiszen a bifidus flóra fiziológiás módon elszaporodik és a kolonizáció természetes módon létrejön. Ha azonban a baba tápszert kap, javasolt a probiotikum tartalmú készítmények adása, hogy a megfelelő bélflóra már az egészen kicsiknél is kialakuljon.