A HPV egyes típusai genitális szemölcsöket okozhatnak, illetve a méhnyak felületén lévő sejtek elváltozásával járó gyulladásokat (sőt mint ahogy már tudjuk, akár méhnyakrákot is). Ezek a c ervikális diszpláziának nevezett sebek különböző komplikációkhoz vezethetnek.
Attól függően, mennyire nehéz kezelni ezeket, a diszpláziákat három csoportba osztjuk. A legnehezebben kezelhető, és a nagy eséllyel anogenitális (hüvely-, végbél-, szeméremajak-) rákot okozó 3-as fokú számít a legkomolyabbnak.
A HPV nem csak méhnyakrák formájában jelent fenyegetést
Ugyanis a 2-es fokú diszplázia esetében 2,9-szer volt nagyobb a végbélrák , 2,5-szer a szeméremtesti rák és 8,1-szer a hüvelyrák kialakulásának esélye, mint azoknál, akik nem fertőződtek HPV-vel. A 3-as fokú diszplázia esetében ezek a számok megduplázódtak. A rák kialakulásának esélye a HPV diagnózist követő első évben volt a legnagyobb, de még 25 évvel később is fenyegetést jelentett.
Természetesen a méhnyakrák kialakulásának esélye már eddig is ismert volt, de az anogenitális rák veszélyéről már kevesebb tanulmány szólt. A HPV mindemellett képes más genitális fertőzéseket is okozni mind férfiak, mind nők esetében. Ennek oka valószínűleg a nem megfelelő immunreakció, amit a vírus vált ki.